東京~宮崎航路のフェリーについてお問い合わせをいただきました。
結論から書くと、現在は存在しません。

直近だと、株式会社マリンエキスプレスという会社が、川崎港~日向港(宮崎県)間を航路とするフェリー事業を営んでいましたが、業績悪化のため、2005年6月に運航休止し、翌年会社もなくなりました。

現在、関東と九州を結ぶフェリーは、オーシャン東九フェリー( https://www.otf.jp/ )の東京有明~新門司(福岡県)航路のみとなっています。

2021年春にはSHKライングループ(新日本海フェリー、阪九フェリー等)が新会社を設立し、横須賀港(神奈川県)~北九州港(福岡県)航路を新規開設、高速フェリーを導入し、関東~九州間がより近くなる予定です。