東京～宮崎航路のフェリーについてお問い合わせをいただきました。
結論から書くと、現在は存在しません。
直近だと、株式会社マリンエキスプレスという会社が、川崎港（神奈川県）～日向港（宮崎県）間を航路とするフェリー事業を営んでおり、「パシフィックエキスプレス」「フェニックスエキスプレス」を運航していましたが、業績悪化のため、2005年６月に運航休止し、翌年会社も消滅。
その後は、関東と九州を結ぶフェリーは、オーシャントランス株式会社（通称：オーシャン東九フェリー）の東京有明（東京都）～新門司（福岡県）航路のみとなっていました。
オーシャン東九フェリー「フェリーどうご」
2021年７月１日よりSHKライングループ（新日本海フェリー、阪九フェリー等）が設立した新会社「東京九州フェリー株式会社」が横須賀港（神奈川県）～北九州港（福岡県）航路を新規開設、約21時間で到着する高速フェリーを導入し、関東～九州間がより近くなりました。
東京九州フェリー「それいゆ」
北九州に到着してから自走して宮崎に行く方法のほか、関西まで高速道路を使って自走し、宮崎カーフェリー株式会社の神戸（兵庫県）～宮崎（宮崎県）を利用する方法もあります。
宮崎カーフェリー「こうべエキスプレス」
